在ISHH,整个实验周期是比较长的,实验程序也比较繁杂,而杂交在ISHH整个实验中可被认为是“短兵相接”的一步。杂交前的一切准备工作如增加组织通透性都是为了在杂交这一步骤中核酸探针能进入细胞或组织与其内的靶核苷酸相结合。因此,杂交是ISHH中关键的而且是重要的一个环节。杂交是将杂交液滴于切片组织上,加盖硅化的盖玻片,原位杂交,防止孵育过程中的高温(50℃左右)导致杂交液的蒸发。为保证杂交所需的湿润环境,可将其放在盛有少量5×SSC或2×SSC(standard saline citrate,染色体原位杂交, SSC)溶液的硬塑料盒中进行孵育。杂交液的成分和预杂交液基本相同,所不同的是加入了标记的核酸探针和硫酸葡聚糖。
基因组原位杂交技术基因组原位杂交(Genome in situ hybridization,GISH)技术是20世纪80年代末发展起来的一种原位杂交技术。它主要是利用物种之间DNA同源性的差异,用另一物种的基因组DNA以适当的浓度作封阻,在靶染色体上进行原位杂交。GISH技术初应用于动物方面的研究(Pinkel et al.,染色体荧光原位杂交,1986),在植物上早应用于小麦和栽培种的鉴定(余舜武等 2001;王文奎等 2000)。
和其它实验方法一样,必须同时设对照试验以证明其实验结果特异性。对照试验的设置须根据核酸探针和靶核苷酸的种类和现有的可能条件去选定。ISHH的优点是它的高度特异性,它可测定组织、培养的单个细胞或细胞提取物中的核苷酸含量。应用高敏感度的性标记cRNA探针在理想的ISHH的实验条件下检测mRNA,其敏感度可达到20个mRNA拷贝/每个细胞。由于双链DNA的稳定性,荧光原位杂交,在用ISHH定位DNA时很少发生丢失,降解,其敏感性高到能够显示在染色体铺片上,有时甚至在组织切片上的单个基因拷贝。正因为如此,对ISHH结果的解释应持慎重态度,特别是前人未报告过的新发现。
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