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洋葱亚细胞定位的方法包括但不限于以下三种:
荧光法:利用抗原与的特异性结合,在细胞内产生荧光标记,从而确定细胞内抗原的分布位置。
GFP融合蛋白表达法:将目的蛋白与绿色荧光蛋白(GFP)融合,原位细胞凋亡检测,通过荧光显微镜观察绿色荧光蛋白的表达位置。
亚细胞分离法:通过一定的物理或化学方法,将细胞进行破碎,然后通过离心、密度梯度离心等方法将细胞器分离出来,再对分离出来的各个细胞器进行成分和结构分析。
蛋白质序列特征:
利用改进型伪氨基酸组成法(PseAAC)、伪位置特异性得分矩阵法(PsePSSM)和三联体编码法(CT)对蛋白质序列进行特征提取,并将这三种方法得到的特征向量进行融合,以得到一个全新的蛋白质序列特征表达模型,然后输入到堆栈式降噪自编码器(SDAE)深度网络里自动学习更有效的特征表示,选用 Softmax 回归分类器进行亚细胞的分类预测,可有效提高蛋白质亚细胞定位预测的准确性。
利用 PSI-BLAST 工具搜索蛋白质序列,提取位点特异性谱中的位点特异性得分矩阵作为蛋白质的一类特征,并计算 4 等分序列的氨基酸含量以及 1~7 阶二肽含量作为另外两类特征,由这三类特征一共得到蛋白质序列的 12 个特征向量。通过设计一个简单加权函数对各类特征向量加权处理,作为神经网络预测器的输入,可提高蛋白质亚细胞定位预测的精度。
内质网
内质网是细胞中的一个复杂网络,它负责合成和转运蛋白质。为了定位内质网,我们可以使用一种名为GFP-HDEL的蛋白质来标记它们。GFP-HDEL是一种带有绿色荧光的蛋白质,它可以与内质网上的HDEL序列结合。在洋葱细胞中,内质网通常位于细胞的中央或周围。
高尔基体
高尔基体是细胞中的另一个复杂网络,它负责合成和转运蛋白质。为了定位高尔基体,我们可以使用一种名为FM4-64的化合物来标记它们。FM4-64可以穿过细胞膜并进入高尔基体,从而发出红色荧光。在洋葱细胞中高尔基体通常位于细胞的中央或周围。
武汉贝科新肽科技有限公司 电话:027-87381761 传真:- 联系人:夏先生 15002786799
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