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RNA原位核酸杂交又称RNA原位杂交组织化学或RNA原位杂交。该技术是指运用cRNA或寡核苷酸等探针检测细胞和组织内RNA表达的一种原位杂交技术。其基本原理是:在细胞或组织结构保持不变的条件下,用标记的已知的RNA核苷酸片段,按核酸杂交中碱基配对原则,与待测细胞或组织中相应的基因片段相结合(杂交),所形成的杂交体(Hybrids)经显色反应后在光学显微镜或电子显微镜下观察其细胞内相应的mRNA、rRNA和tRNA分子。RNA原位杂交技术经不断改进,其应用的领域已远超出DNA原位杂交技术。尤其在基因分析和诊断方面能作定性、定位和定量分析,已成为有效的分子病理学技术,同时在分析低丰度和罕见的mRNA表达方面已展示了分子生物学的一重要方向。

根据核酸探针标记物的种类分别进行自显影或利用酶检测系统进行不同显色处理。细胞或组织的原位杂交切片在显示后均可进行半定量的测定,如自显影可利用人工或计算机辅助的图象分析检测仪(computer-assisted image analysis)检测银粒的数量和分布的差异。非性核酸探针杂交的细胞或组织可利用酶检测系统显色,然后利用显微分光光度计或图像分析仪对不同类型和数量的核酸的显色强度进行检测。

FISH技术的基本步骤包括探针制备、样品预处理、探针与样品的杂交、信号检测和图像分析等。在探针制备过程中,使用荧光标记物代替同位素标记物来标记探针。在样品预处理过程中,细胞或组织的固定、裂解和去除非特异性蛋白质等操作都是必要的,GISH,以提高探针与目标序列的亲和力和特异性。在探针与样品的杂交过程中,探针与样品中的目标序列进行互补性杂交,形成可检测的荧光信号。在信号检测和图像分析过程中,使用高灵敏度荧光显微镜检测荧光信号并获取高分辨率的细胞图像。

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