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为什么不先对基因做预测,在预测的结果上直接做共定位?
不同的预测网站有不同的计算方法,同一个基因在不同的预测网站也可能得出不同的定位结果。另外所有的结果都应是基于实验得到的,对于不清楚可能定位在哪里的基因,一般推荐先做普通定位,根据普通定位的结果再决定做哪种细胞器的共定位。
适用于什么实验场景?
(1)基因功能研究,文章里总少不了这一项。
(2)研究蛋白相互作用,与酵母双杂实验结果相互验证。
亚细胞定位操作步骤
1、通过一些在线网站预测亚细胞定位
2、亚细胞定位载体构建
(1)引物设计:利用引物设计软件,根据pEGP-MCS-N1或pEGP-C1-MCS的酶切位点设计目的基因引物。
(2)载体构建:将PCR产物酶切后插入pEGP-MCS-N1或pEF-C1-MCS,得到表达目的基因与EGP融合蛋白质的真核表达载体。
3、细胞转染
当细胞生长到对数生长期时,双分子荧光互补,接种到共聚焦显微镜的玻璃底培养皿(35mm petri dish,10 mm Microwell)中,培养过夜。当细胞贴壁率达到30%~50%时,将融合绿色荧光蛋白GFP的重组载体质粒和目标细胞器质粒共转染细胞。37℃孵箱培养24~72h。
4、激光扫描共聚焦显微镜观察
将上述细胞分别在24、36、48、72h的时间点,根据实验需求选择对应激发波长(常用405nm、488nm和561nm),使用共聚焦显微镜观察,采取图像。
在分析蛋白亚细胞定位时,需要考虑多种因素,如蛋白质的结构、序列、修饰等。不同的蛋白质在细胞内的位置可能不同,例如有些蛋白质可能定位于细胞质、细胞核、线粒体、叶绿体等不同部位。同时,同一个蛋白质在不同细胞类型或不同生理状态下也可能有不同的亚细胞定位。因此,在进行蛋白亚细胞定位分析时,需要考虑多种因素的综合影响。
蛋白亚细胞定位的研究成果对于了解细胞的生命活动和调控机制具有重要意义,也为疾病诊断和提供了重要的参考依据。因此,开展蛋白亚细胞定位分析和预测服务,对于生物学、医学、生物信息学等领域的发展都具有重要的意义。
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