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启动子筛选:寻找基因表达的关键调控元件
基因表达的调控是一个复杂的过程,其中关键的环节之一就是转录的启动子。转录是生物体内基因表达的重要步骤,而转录的启动子则是这一过程的关键调控元件。因此,启动子的筛选对于理解基因表达的调控机制以及疾病的等方面都具有重要的意义。
启动子的筛选通常是通过生物信息学的方法进行的。首先,通过基因组测序和生物信息学分析,可以确定基因的启动子区域,这一区域通常位于基因编码区的上游。然后,通过各种预测算法,亚细胞定位方法,可以分析启动子区域内的DNA序列,以确定是否存在转录因子的结合位点。这些转录因子通常是蛋白质,它们可以与DNA序列结合,从而影响转录的效率和程度。
GFP是绿色荧光蛋白,在扫描共聚焦显微镜的激光照射下会发出绿色荧光,从而可以地定位蛋白质的位置。绿色萤光蛋白(GFP)是一个由约238个氨基酸组成的蛋白质,从蓝光到紫外线都能使其激发,发出绿色荧光。通过基因工程技术,绿色萤光蛋白(GFP)基因能转进不同物种的基因组,在后代中持续表达,并且能根据启动子特异性地表达。
使用GFP必须构建融合蛋白载体,蛋白亚细胞定位,并在转染之后有效表达。这样,若在荧光显微镜下看到细胞内某一部位存在GFP信号,说明和GFP融合的蛋白也存在于该部位,这样就达到了确定某物质亚细胞定位的目的。
亚细胞定位操作步骤
1、通过一些在线网站预测亚细胞定位
2、亚细胞定位载体构建
(1)引物设计:利用引物设计软件,亚细胞定位公司,根据pEGP-MCS-N1或pEGP-C1-MCS的酶切位点设计目的基因引物。
(2)载体构建:将PCR产物酶切后插入pEGP-MCS-N1或pEF-C1-MCS,得到表达目的基因与EGP融合蛋白质的真核表达载体。
3、细胞转染
当细胞生长到对数生长期时,接种到共聚焦显微镜的玻璃底培养皿(35mm petri dish,10 mm Microwell)中,亚细胞定位,培养过夜。当细胞贴壁率达到30%~50%时,将融合绿色荧光蛋白GFP的重组载体质粒和目标细胞器质粒共转染细胞。37℃孵箱培养24~72h。
4、激光扫描共聚焦显微镜观察
将上述细胞分别在24、36、48、72h的时间点,根据实验需求选择对应激发波长(常用405nm、488nm和561nm),使用共聚焦显微镜观察,采取图像。
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